Фамилия Шолубко — яркий пример того, как география и народная речь оставили след в родовом имени. Скорее всего, её основа — украинское или белорусское слово «шолуда», то есть шелуха, кожура, оболочка. В переносном смысле так могли назвать неопрятного человека, «облезлого», или, наоборот, того, кто занимался очисткой чего-либо — лущил зерно, сдирал кору. Модель образования типична для западнорусских земель: суффикс -к- со значением уменьшительности или принадлежности, а окончание -о указывает на украинское происхождение. Фамилии такого типа (Шелудько, Шелуха, Шолух) нередки в Черниговской, Полтавской, Киевской губерниях.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «шолуба» — так в некоторых говорах называли большую, широкую шапку или меховую опушку. Тогда прозвище Шолубка мог получить обладатель такой шапки, либо шапочник. Однако в пользу первой гипотезы говорит распространённость корня «шолуд-» в украинской антропонимии: есть и Шолудько, и Шолуденко. Фамилия Шолубко — скорее фонетический вариант того же ряда, где «д» перешло в «б» под влиянием говора или случайной записи писцом.

Сословная история фамилии невысокая: носители Шолубко в XIX веке — преимущественно крестьяне и казаки Левобережной Украины. В ревизских сказках и исповедных ведомостях фамилия встречается в Полтавской и Харьковской губерниях, а также в бывших казачьих полках Черниговщины. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народное, прозвищное имя, которое давали по внешности или занятию.

Сегодня фамилия остаётся редкой, сосредоточена на Украине и в прилегающих областях России, а также в среде потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Встречается и вариант Шалубко — результат аканья или ошибки переписчиков.