Фамилия Шониёзов — редкий пример фамилии, образованной от имени, записанного в непривычной для русского уха форме. Основа здесь — мужское имя Шониёз или Шониёз. Это составное имя, скорее всего, тюркского происхождения, где первая часть «шон» может восходить к слову «шон» (честь, слава, почёт) или «шон» как вариант «шон» — «левый», «восточный» (в некоторых тюркских языках). Вторая часть — «ёз» (или «йоз») — означает «след», «путь», «направление». В совокупности имя можно истолковать как «путь чести» или «славный след». Суффикс «-ов» в конце — типичный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Шониёза». То есть фамилия Шониёзов — это русифицированная форма тюркского отчества.

Географически фамилия, скорее всего, тяготеет к регионам, где исторически проживали тюркские народы, в первую очередь узбеки или казахи. Имя Шониёз (в разных вариантах написания — Шониёз, Шониёз, Шониёз) встречается в Узбекистане, реже — в Таджикистане и среди каракалпаков. Массового распространения в России фамилия не получила: она редкая, встречается единичными семьями, в основном у потомков переселенцев из Средней Азии. В документах XIX — начала XX века, когда шла активная русификация фамилий, такие формы фиксировались у оседлого населения Туркестана.

С точки зрения словообразовательной модели, Шониёзов отличается от более частых фамилий на «-ов» тем, что основа не усекается: полное имя Шониёз даёт форму Шониёзов, а не Шонизов. Это указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии — в период, когда русские чиновники уже старались передавать иноязычные имена с минимальными искажениями. В более ранних записях (XVIII век) такое имя могли бы записать как «Шониёз» или «Шониёс», а фамилию — как Шониёсов.

Версия о происхождении от прозвища или профессии маловероятна: слово «шониёз» не зафиксировано в русских говорах как нарицательное. Все нити ведут к личному имени. Таким образом, носитель фамилии Шониёзов — потомок человека, которого звали Шониёз, и чьё имя, вероятно, отражало пожелание достойного жизненного пути.