Фамилия Шошуков — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на «сына» или «внука» человека по прозвищу Шошук, мы получаем корень «шошук». В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) слово «шошка» или «чошка» означает поросёнка, а «шошук» — уменьшительная форма, то есть «поросёночек». Фамилия могла закрепиться за человеком с таким прозвищем — либо за его хозяйством (держал свиней), либо за внешним сходством (полнота, розовый цвет лица, курносый нос).

Вторая версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на существование, связывает фамилию с диалектным русским словом «шошуля» — так в некоторых говорах называли неряху или растрёпу. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее, учитывая, что фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русских с татарами и башкирами. Сравните с фамилиями Чушкин, Свинкин, Боровков — все они построены по той же модели прозвища от названия животного.

Интересно, что фамилия Шошуков не фиксируется в классических дворянских родословных книгах. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что прозвище Шошук было мужским и оканчивалось на твёрдый согласный.

Географически фамилия редкая. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, основная масса Шошуковых сосредоточена в Кировской области и Республике Марий Эл. Это косвенно подтверждает версию о тюркском корне: марийцы и татары веками жили рядом с русскими, и прозвища легко переходили из языка в язык.