Фамилия Шовкеник — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт профессию предка. Основа здесь — «шовк», диалектное или искажённое произношение слова «шёлк». А суффикс -ник в русских и украинских фамилиях почти всегда указывает на ремесленника: бондарь — бондарник, мельник, сапожник. Соответственно, Шовкеник — это «шёлковник», то есть человек, работающий с шёлком. Им мог быть ткач, торговец шёлковыми тканями или портной, шивший из дорогого материала.

Географически такая фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. В центральной России чаще говорили «шёлк» и образовывали фамилии Шелковников, Шелков. А форма «шовк» (с «о» после шипящего) характерна для украинского языка и южнорусских говоров. Если фамилия оканчивается на -ик, это типичный украинский или белорусский вариант суффикса (сравните Мельник, Бондарь — Бондарик). Поэтому Шовкеник — почти наверняка украинская или белорусская фамилия, записанная на русский манер.

Есть и другая, менее вероятная версия. В польском языке «szewc» — сапожник, а «szewczyk» — сапожник-подмастерье. Теоретически «Шовкеник» могло возникнуть как искажённое польское прозвище сапожника. Но против этого говорит корень: в польском «шовк» означает именно «шёлк», а не шитьё. Прямая связь с шёлковым ремеслом выглядит убедительнее.

Сословного барьера у фамилии не было. Шёлк на Руси и в Речи Посполитой был товаром привозным и дорогим, но работали с ним не только купцы, но и крепостные мастера при барских мануфактурах. Так что среди Шовкеников могли быть и мещане, и государственные крестьяне, и цеховые ремесленники. Сейчас фамилия встречается единично, в основном на Украине и в южных областях России.