Фамилия Шовкин образована от прозвища или нецерковного имени Шовка. В русских говорах слово «шовка» имело несколько значений, и самое вероятное — диалектное название щегла. Щегол — яркая, заметная птица, и прозвище Шовка могли дать человеку нарядному, любящему привлекать к себе внимание или просто с повадками, напоминающими эту птицу. В рязанских и тамбовских говорах «шовкой» называли также бойкого, вертлявого человека, что подтверждает связь прозвища с характером или внешностью.

Модель фамилии проста: к основе Шовк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Шовкин буквально означает «сын Шовки» или «человек из семьи Шовки». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов женского или мужского рода на -а/-я (ср. Пушкин, Ильин). Это одна из древнейших и самых распространённых моделей в русской антропонимии.

Менее вероятна, но не исключена версия, связывающая фамилию с профессиональным термином. В некоторых ремёслах «шовкой» могли называть инструмент для пробивания швов или мастера, который накладывает швы, например, в сапожном или портняжном деле. Однако прямых диалектных подтверждений этому значению в доступных источниках нет, и версия с прозвищем по птице или характеру остаётся основной.

Фамилия Шовкин встречается преимущественно в центральных и южнорусских областях: Рязанской, Тамбовской, Липецкой, а также в Поволжье. Это указывает на то, что фамилия возникла в среде крестьянства и посадских людей, а не в дворянской среде, где преобладали фамилии на -ский или -ов/-ев с книжными основами. В документах XVII–XVIII веков фамилия не зафиксирована среди известных служилых родов, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шов, Шовков, Шевкин) показывает, что основа «шов-» в русских фамилиях редка. Чаще встречается «шев-» (от «шить»), но Шовкин стоит особняком: у него другая огласовка и другое значение. Это делает фамилию ценной для ономастики — она сохранила редкое диалектное слово, почти утраченное в современном языке.