Фамилия Шовкун, предположительно, является фонетическим вариантом фамилии Шавкун и происходит от аналогичного прозвища. Следует отметить, что изменение гласных а/о объясняется действием фонетических процессов, происходивших в ходе развития языка. Предположительно, прозвище Шавкун ведет свое начало от глагола «шавкать», который в прошлом употреблялся в значении «говорить с пришепетыванием». Вполне вероятно, что это прозвище отражало особенности речи основателя рода Шавкун. Кроме того, исследователь В.А. Никонов со ссылкой на данные Центрального исторического архива в Санкт-Петербурге отмечает, что в говорах Забайкалья слово «шавкун» обозначало болтуна. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Шавкун был разговорчивым и общительным человеком. Так и прозвище Шавкун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шовкун. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шавкун, со временем получил фамилию Шовкун. Так, в Книге памяти Хабаровского края упоминается Семен Степанович Шовкун, родившийся в 1894 году в селе Осиновка Михайловского района Приморского края. В Книге памяти Омской области можно найти сведения о Степане Никитовиче Шовкуне, родившемся в 1907 году в деревне Александровка Колосовского района Запсибкрая.