Фамилия Шовкуева образована от прозвища Шовкун. Слово «шовкун» в южнорусских и украинских говорах имеет два основных значения. Первое — это шепелявый человек, картавый, тот, кто говорит невнятно или с дефектом произношения. Второе значение, более конкретное и, скорее всего, исходное — это возчик, перевозчик, погонщик лошадей. В этом случае «шовкать» означало понукать лошадей, издавать цокающий звук, характерный для ямщиков. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо человеком с особенной манерой речи, либо, что вероятнее, занимался извозом или работал с лошадьми.

Суффикс -ев- указывает на принадлежность: Шовкуев — сын Шовкуна. Это типичная модель русских фамилий, распространённая на юге России, в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Украине. Встречается и вариант написания Шовкунов, но форма на -ев характерна для фамилий, образованных от слов на твёрдый согласный (Шовкун → Шовкунов/Шовкунев). Выбор между -ов и -ев часто зависел от местной традиции и того, как воспринималась основа: если прозвище оканчивалось на твёрдый согласный, но в быту его склоняли с мягким окончанием, мог появиться и вариант на -ев.

Стоит отметить, что корень «шовк-» родственен слову «шовкать» (цокать, щёлкать языком), а не «шёлк». Хотя в некоторых диалектах «шовк» означало и шёлк, для прозвища Шовкун такое значение маловероятно — прозвища от названий тканей обычно давались торговцам или портным, но тогда форма была бы Шовков или Шовкарь. А вот «шовкун» — это активное, глагольное прозвище, прямо описывающее действие или профессию.

Встречаемость фамилии в современных базах данных невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Основной ареал — юг России и восток Украины. Иногда фамилию ошибочно связывают с тюркскими корнями, но это маловероятно: слово «шовкун» — чисто славянское, образованное от звукоподражательного глагола.