Фамилия Шовкунов образована от прозвища Шовкун — так в южнорусских и украинских говорах называли того, кто шьёт, портного. В основе лежит глагол «шовкать», «шить», а суффикс -ун- указывает на деятеля: шовкун — «швец», «портной». Модель типична для украинской ономастики: подобные прозвища на -ун нередко становились основой для фамилий (ср. бегун, крикун, скакун), а затем обрастали русским суффиксальным оформлением -ов. Таким образом, Шовкунов — это «сын Шовкуна», то есть потомок человека, чьё ремесло или склонность к шитью закрепились в прозвище.

Интересная особенность: в отличие от более распространённой фамилии Шевченко (тоже от «шить», но с другим суффиксом), Шовкунов встречается реже и имеет более чёткую региональную привязку. Следы фамилии ведут в основном в Курскую, Воронежскую и Харьковскую губернии — зону смешения великорусских и украинских говоров, где и могло возникнуть слово «шовкун». В письменных источниках XVIII–XIX веков фамилия фиксируется у мещан и однодворцев — сословий, где ремесленное прозвище могло закрепиться как наследственное.

Есть и менее правдоподобная версия — от диалектного «шовкать» в значении «шепелявить», «сюсюкать». Тогда Шовкун — человек с нечистой речью. Но ремесленная трактовка надёжнее: прозвища по профессии в крестьянской среде были массовыми и естественными, а дефекты речи — более редкая и случайная основа.

Фамилия Шовкунов остаётся малочисленной: по современным данным, она встречается в десятках, а не в сотнях семей, в основном в Белгородской области и на юге России. Известных носителей в публичном поле нет, что только подчёркивает её локальный, «ремесленный» характер.