Фамилия Шоворгин — редкая и неочевидная. Её основа не лежит на поверхности, и разобрать её можно как минимум с двух сторон: по модели образования и по возможному прозвищу.

С точки зрения словообразования, перед нами классическая патронимическая фамилия с суффиксом -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Шоворгин, то есть сын Шоворги. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый согласный (Петров от Пётр), -ин крепится к основам на -а/-я и к мягким согласным, а также к некоторым прозвищным основам. В данном случае основа — Шоворга.

Что такое «шоворга»? Наиболее вероятная версия — это диалектное прозвище, связанное с глаголом «шоворкать» или «шовыркать». В северных и центральных русских говорах «шоворкать» означает шуршать, шелестеть, копошиться, делать что-то неловко или торопливо. Прозвище Шоворга могли дать суетливому, непоседливому человеку, который всё делал с шумом и вознёй, или тому, кто ходил «шовыркая» — шаркая ногами. Звукоподражательная природа слова (шорох, шуршание) делает эту этимологию самой прямой и правдоподобной.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза. В некоторых говорах «шоворга» могло быть названием мелкой рыбы (ерша или бычка) — то есть прозвище могло закрепиться за рыбаком или за человеком с «колючим», неуживчивым характером, как у ерша. Однако эта версия слабее: слово «шоворга» в значении «рыба» не фиксируется в авторитетных диалектных словарях так широко, как глагольная форма.

Суффикс -ин указывает, что фамилия закрепилась в среде, где патроним на -ин был нормой — это прежде всего северные и центральные регионы России, а также территории бывшего Новгородского и Вятского краёв. В этих местах прозвища, образованные от глагольных корней, встречаются часто.

Фамилия Шоворгин не относится к дворянским или старым княжеским родам. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди. В дореволюционных переписях она встречается крайне редко, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в одной-двух волостях.

Таким образом, Шоворгин — это «сын Шоворги», а сама Шоворга — человек с шумной, суетливой походкой или характером. Фамилия сохранила звукоподражательный оттенок живой народной речи, который сегодня почти стёрся.