Фамилия Шойдокова — женская форма мужской фамилии Шойдоков. Её основа восходит к бурятскому или монгольскому имени или прозвищу. В ономастике это характерный случай, когда фамилия образована не от славянского корня, а от тюрко-монгольского антропонима, что указывает на восточное происхождение предков.

Ключевой элемент фамилии — корень «Шойдок». Скорее всего, он восходит к бурятскому слову «шойдог» или «шойдок», что означает «сорока» — птица семейства врановых. В бурятской традиции прозвища по названиям птиц давали людям за сходство характера или внешности: сорока ассоциировалась с болтливостью, суетливостью, яркой окраской. Менее вероятна, но возможна версия, что основа связана с тибетским «чойдок» (чой — «дхарма», «учение»), которое могло попасть в Бурятию через буддийскую культуру. В этом случае имя могло означать «религиозный», «посвящённый», но такая трактовка требует дополнительных подтверждений.

Суффикс «-ов» (в женской форме «-ова») — стандартный русский патронимический суффикс, который присоединяли к нерусским основам при оформлении фамилий по русскому образцу. Это произошло в XIX — начале XX века, когда буряты и другие народы Сибири получали фамилии по модели русского делопроизводства. Таким образом, Шойдоков — это «сын Шойдока», а Шойдокова — «дочь/жена Шойдокова».

Географически фамилия Шойдокова наиболее распространена в Бурятии, Забайкальском крае и Иркутской области — регионах исторического проживания бурят. Встречается она и среди калмыков, чей язык близок к монгольскому. В русских документах фамилия могла писаться с вариациями: Шойдыков, Шойдаков, но форма Шойдоков закрепилась как основная.

Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, относились к бурятским крестьянам или казакам. В Забайкалье буряты часто входили в казачье сословие, несли пограничную службу. Знатных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших из прозвищ в народной среде.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шойдокова стоит в одном ряду с бурятскими фамилиями-птицами: Тоенов (тоён — «журавль»), Хубанова (хуба — «лебедь»), Шаралдаев (шаралдай — «чирок»). Все они образованы по одной модели: местное прозвище + русский суффикс.