Фамилия Шойдопов — один из примеров того, как русский суффикс -ов «прирастает» к нерусской основе, сохраняя память о национальных корнях носителя. В данном случае перед нами, скорее всего, фамилия бурятского происхождения. Её основа — имя Шойдоп.

В бурятском языке имена, начинающиеся на «Шой-», обычно восходят к тибетскому буддийскому термину «чой» (chos), что переводится как «учение», «дхарма», «религия». Вторая часть имени, «-доп», может быть вариантом произношения тибетского «-дуб» (grub), означающего «достижение» или «свершение». Таким образом, имя Шойдоп в целом можно истолковать как «достигший учения» или «совершенный в дхарме» — типичный для буддийской традиции антропоним, который давали с пожеланием духовных успехов.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типично русскую модель образования: «чей?» — «сын Шойдопа» или «из рода Шойдоповых». Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, попал в сферу русского административного или церковного учёта (например, в Забайкалье, где буряты активно контактировали с русскими переселенцами), и его имя было адаптировано по стандартной формуле русских фамилий.

Интересно, что фамилия Шойдопов географически привязана в первую очередь к Бурятии, Забайкальскому краю и Иркутской области. Она относительно редка и почти не встречается за пределами этих регионов и диаспоры. В отличие от более распространённых бурятских фамилий на -ев (например, Цыренов, Базаров), здесь мы видим именно -ов, что может указывать на более позднюю или более «русифицированную» форму записи.

Других версий происхождения, например, от тюркских или монгольских корней, не связанных с буддийскими именами, у этой фамилии нет — звуковой состав основы слишком специфичен для бурятской ономастики. Так что, скорее всего, первые Шойдоповы были потомками человека, носившего духовное имя, полученное от ламы.