Фамилия Шойдоков происходит из бурятской и калмыцкой ономастики, где она встречается чаще всего. Её основа — мужское личное имя Шойдок (варианты: Шойдог, Шойдок), которое восходит к тибетскому чойдаг (chos bdag) — «владыка веры», «защитник учения» в буддийской традиции. В бурятском произношении начальный звук «ч» перешёл в «ш», что дало форму Шойдок.

Суффикс -ов указывает на русский способ оформления фамилии, типичный для многих народов, вошедших в состав Российской империи. Фамилии на -ов от тюркских и монгольских имён массово закреплялись в XIX веке при крещении или приписке к казачьим сословиям, а также в ходе административного учёта. Таким образом, Шойдоков — это «сын (или потомок) Шойдока».

Интересная деталь: в бурятской среде фамилия нередко записывалась через «г» на конце (Шойдогов), что ближе к произношению исходного тибетского слова. Форма Шойдоков закрепилась в русской транскрипции, и именно она встречается в документах Забайкалья, Иркутской области и среди калмыков. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном, родовом характере — она принадлежала конкретным семьям, а не целым улусам.

Родственные фамилии того же корня — Шойдонов, Шойданов, Шойдоржиев — образованы от других вариантов того же имени. Если предок носителя фамилии Шойдоков был шаманом или ламой, это могло повлиять на выбор имени, но чаще всего имя давали мирянам в честь буддийского божества-защитника.