Фамилия Шойкулова — женская форма фамилии Шойкулов, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром. Основа фамилии — имя или прозвище Шойкул, которое состоит из двух частей: «шой» и «кул». В тюркских языках «кул» означает «раб», но в именах это слово давно утратило унизительный смысл и стало обозначать «слуга», «посвящённый», «покорный Богу». Часто компонент «кул» входил в состав имён, подчёркивающих религиозное смирение: например, Кулмухаммед — «раб Мухаммеда», Кулбай — «богатый слуга» или просто «слуга-господин».

Первая часть «шой» менее прозрачна. Вероятнее всего, это вариант слова «шой» или «чой» в значении «чай» — в некоторых тюркских диалектах так называли чай, а также человека с характерным цветом лица или одежды. Менее правдоподобна, но возможна связь с арабским «шай» — «вещь», «нечто». Тогда Шойкул могло означать «слуга вещи» — что указывает на прозвище, данное человеку, посвятившему себя какому-то ремеслу или делу.

Суффикс «-ов» в фамилии Шойкулов (и его женская форма) — классический русский патронимический суффикс, который добавлялся к тюркским именам при оформлении фамилий в имперский период. Это указывает на то, что носители фамилии жили на территории, где происходила русификация документов: скорее всего, в Средней Азии, в Казахстане или среди татар и башкир. Встречаемость фамилии Шойкулова сегодня выше всего в Узбекистане и Кыргызстане, что подтверждает её региональную привязку.

Фамилия не относится к древним аристократическим родам — она возникла в среде простых крестьян и ремесленников, чьи предки носили прозвище по личным качествам или занятиям. Единственное, что можно сказать о социальном статусе: основатель рода Шойкул был, скорее всего, человеком незнатного происхождения, но его имя сохранилось в фамилии, что говорит о его заметности в общине.