Фамилия Шойков происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Шойков образована от прозвища Шойко, которое, скорее всего, восходит к гидрониму Шойка. Так называется река в Республики Марий Эл. Само название реки языковеды относят к иранскому слову «шой» — «земля, край». По другой версии, фамилия Шойков представляет собой фонетический вариант фамилии Шайков, которая ведет свое начало от прозвища Шайко. В его основе лежит нарицательное «шайка». В «Токовом словаре живого великорусского языка» В. Даля это слово трактуется как «ватага вольницы», «обручная посудинка в треть, в четверть ведра, с ухом». Возможно, что данное прозвище подчеркивало свободолюбивый нрав предка, либо указывало на его род деятельности (изготовление предметов кухонной утвари). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Шойко, со временем получил фамилию Шойков. О точном месте и времени возникновения фамилии Шойков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шойков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.