Фамилия Шойка — редкий пример, где прозвищное имя сохранилось почти без изменений, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ев или -ин. Это так называемая «нулевая» модель образования: фамилия совпадает с именем или прозвищем, которое носил предок. В русской традиции такие фамилии обычно встречаются на Украине и в южнорусских областях, а также у белорусов. В официальных документах Московского государства они фиксировались реже, чем патронимы на -ов, но в крестьянской и казачьей среде держались стойко.

Основа фамилии — прозвище Шойка. Скорее всего, оно восходит к диалектному слову «шойка». В русских говорах так называли небольшую птицу из семейства врановых, похожую на сойку. В некоторых областях слово «шойка» означало «сойка» вообще, с характерным чередованием «ой»/«ай» (сравните: шойка — сойка). Прозвище могли дать человеку за яркую внешность, громкий голос или беспокойный, суетливый нрав — по повадкам птицы. В ономастике это типичный случай, когда фамилия родилась из бытового сравнения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Шойка как уменьшительной формой от Шой (производное от Софон, Созонт или других канонических имён на Со-). Однако в святцах такого имени нет, и для русского имяслова форма Шойка нехарактерна. Птичья этимология выглядит убедительнее, тем более что фамилия Шойка встречается в тех же регионах, где активно бытовали прозвища от названий птиц: Сорока, Воробей, Галка, Сойка.

Географически фамилия Шойка тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. Встречается в Белгородской, Воронежской, Курской областях, а также в Харьковской и Сумской областях Украины. Это области позднего заселения, где в XVII–XVIII веках оседали служилые люди, однодворцы и казаки. Фамилии без суффикса там были нормой, особенно в среде черкас (переселенцев с Украины). Поэтому предки современных Шойка могли быть как русскими однодворцами, так и украинскими казаками.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шойка стоит в одном ряду с Шойко, Шайко, Сойка. Фамилия Шойко, например, распространена на Украине значительно шире, а Шойка — более редкий вариант, сохранивший исходное прозвище в форме именительного падежа единственного числа. В русских переписях XVII века такая модель встречается у крестьян и посадских людей, но не у дворян. Сословного барьера фамилия не имела: Шойка мог быть и крестьянином, и мещанином, и казаком.

Сведений о широко известных исторических носителях фамилии не сохранилось. Это рядовая русско-украинская фамилия, образованная от живого прозвища, и её главная ценность — в прозрачной, почти зримой этимологии: предок был похож на сойку.