Фамилия Шойкина — женская форма фамилии Шойкин, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Разбирая Шойкина, мы сразу смотрим на корень «шойк-», который в русских фамилиях встречается нечасто и не имеет очевидного значения в современном языке. Вероятнее всего, в основе лежит прозвище или неканоническое имя, образованное от диалектного слова.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с глаголом «шойкать» или «шойкнуть» — в некоторых русских говорах так называли звук, похожий на щелчок, удар или резкий крик. Человек мог получить прозвище Шойка за манеру говорить отрывисто, за привычку щёлкать пальцами или за голос. В этом случае суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шойкин, то есть сын или потомок Шойки.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с тюркскими языками, где «шой» или «шойка» могло означать «сойка» (птица) или быть вариантом имени Шой (например, от монгольского «шой» — учёный, мудрец). Однако для центральных регионов России, где фамилия встречается чаще (например, в бывших Тамбовской, Рязанской, Нижегородской губерниях), птичья или тюркская версия кажется натянутой: местные прозвища обычно имели более бытовую, звукоподражательную природу.

Фамилия Шойкина не относится к дворянским или старинным боярским родам. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или посадских людей, у которых прозвище закрепилось в документах при переписях XVII–XVIII веков. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов женского рода (сравните: Шойка — Шойкин), но в данном случае исходное прозвище Шойка могло быть и мужским, и женским, что не редкость для русской ономастики.