Фамилия Шпатаковская — редкий случай, когда географическое прозвище, скорее всего, связано не с названием села или города, а с конкретным местным объектом. В русской ономастике суффикс -ск- указывает на притяжательность или принадлежность к местности, а окончание -ая — на женскую форму (в мужском варианте фамилия звучала бы как Шпатаковский). Такая модель типична для польской и западнорусской шляхты, а также для духовенства, которое часто получало фамилии по названиям церквей или имений.

Основа «Шпатак» — это не славянское слово, а, вероятно, южнославянское или польское заимствование. В польском языке «szpatak» (или «szpatułka») означает «лопатка», «шпатель». В диалектах украинского и белорусского языков «шпатак» — это заострённая палка, колышек, которым крестьяне подпирали изгороди или использовали как простейший инструмент. Вполне возможно, что прозвище Шпатак дали человеку высокому, худому и прямому, как кол, или, наоборот, мастеру, делавшему такие колья.

Самый правдоподобный путь образования фамилии — через топоним. В Польше и на Западной Украине есть несколько мелких хуторов и урочищ с названием Шпатаки или Шпатаково. Человек, переехавший из такого места, получал прозвище Шпатак, а его потомки — фамилию Шпатаковские. Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с профессией: «шпатак» на некоторых территориях называли инструмент шорника или сапожника, и фамилия могла закрепиться за ремесленником.

Встречается фамилия Шпатаковская в основном в западных областях России (Смоленская, Брянская области), а также в Беларуси. Это подтверждает её польско-литовские корни. В дворянских родословных книгах она не значится — скорее всего, это фамилия однодворцев или мещан, получивших её при переписях в XIX веке.