Фамилия Шпигунова — женская форма от Шпигунов, и её основа сразу же вызывает вопрос: что за «шпигун»? В отличие от более распространённых фамилий, образованных от названий профессий или крестильных имён, здесь мы имеем дело с прозвищем, корни которого уходят в диалектную лексику. Самое прямое и очевидное объяснение — связь со словом «шпиг» или «шпиговать», то есть нашпиговывать салом мясо. В этом случае Шпигуном могли прозвать мясника, колбасника или просто любителя сытно поесть, либо человека, чья работа была связана с заготовкой и обработкой мяса. Однако есть и вторая, менее кулинарная версия: в некоторых южнорусских и украинских говорах «шпигон» означало шпиона, лазутчика. Прозвище могли дать скрытному, подозрительному человеку или тому, кто любил подсматривать и подслушивать.

Словообразовательная модель фамилии стандартна для русского северного и центрального ареала: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность «чей?» — то есть «сын или потомок Шпигуна». Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в тех областях, куда в XIX веке переселялись малороссы. Встречаются варианты написания через «а» — Шпиганова, но они редки и, скорее всего, являются искажением при переписи или местным произношением.

Что касается сословного происхождения, то Шпигуновы не были дворянским родом — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне, реже — как однодворцы (особенно в Курской и Воронежской губерниях). Интересно, что фамилия не получила широкого распространения: по переписи 1897 года она встречалась точечно, что говорит о её локальном характере и, возможно, недавнем (по историческим меркам) закреплении.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шпигунов, Шпигов, Шпигарев — показывает, что все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Шпигунов — самая полная форма, где суффикс -ун придаёт прозвищу несколько ироничный или уменьшительный оттенок (как в фамилиях Бегунов, Крикунов). Таким образом, Шпигунова — это фамилия-характеристика, которая закрепилась за предком по его занятию или черте поведения, и вряд ли её носителям стоит искать в ней что-то иное, кроме живого народного языка.