Фамилия Шпигунов — один из тех случаев, где прозвище предка можно восстановить почти наверняка. В её основе лежит слово «шпигун» или «шпигон». В русских говорах и в украинском языке так называли не шпиона (это значение пришло позже из польского), а скорее худого, тощего человека, «щепку». В словаре Даля зафиксировано: шпигон — «худощавый, высокий и тонкий, сухой человек». Прозвище давали по внешности — долговязому, жилистому парню или мужику, которого за худобу и дразнили «шпигуном». Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с глаголом «шпиговать» (нашпиговывать салом), но она слабее: прозвище от этого действия скорее дали бы мяснику или повару, но фамилии на «-унов» от названий профессий редки, а от прозвищ по внешности — обычны.

Модель образования типична для русского Северо-Запада и центральных областей. Суффикс «-ун» в прозвищах активен: бегун, крикун, говорун. От «шпигун» с помощью притяжательного суффикса «-ов» и получилась фамилия — буквально «сын Шпигуна». Такая схема (прозвище + -ов) в XVI–XVII веках была основной для формирования русских фамилий у крестьян и посадских людей. Ударение в фамилии закономерно падает на последний слог — ШпигунОв, хотя в некоторых говорах могли произносить и ШпИгунов, что отражает местную акцентную норму.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским территориям. В переписных книгах XVII века Шпигуновы встречаются среди однодворцев и казаков — например, в Курской и Воронежской губерниях. Это косвенно подтверждает связь с украинским произношением: в украинском языке «шпигун» — тощий человек, а «шпиг» — сало, что даёт ещё один оттенок прозвищу (худой, как будто его салом не кормили). В дворянских родословных книгах фамилия не засветилась: Шпигуновы — в основном крестьянский и мещанский род, без громких титулов, но с характерной, цепкой памятью о внешности предка.

Интересная деталь: в некоторых регионах фамилию записывали через «а» — Шпагунов, что могло возникнуть под влиянием слова «шпага» (острая, тонкая, как прозвище долговязого). Но это уже вторичное переосмысление, когда исходное прозвище забылось, а фамилию «подправили» под понятное слово. Основной же вариант — Шпигунов — надёжно выводится из диалектного слова, и носитель этой фамилии может с уверенностью сказать: его предок был заметно худым и высоким человеком, за что и получил своё прозвище.