Фамилия Шигунов звучит резко и динамично — и это не случайно. В её основе, скорее всего, лежит прозвище Шигун, образованное от глагола «шигать» или «шигнуть». В русских говорах, особенно северных и сибирских, это слово означало «ударить», «стегнуть», «хлестнуть», а также «бросить», «швырнуть». Соответственно, Шигуном могли прозвать человека резкого, порывистого в движениях, или же того, кто любил пускать в ход руки. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шигать» в значении «быстро бежать», «удирать» — тогда прозвище могло закрепиться за непоседой или ловким человеком.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Шигунов — это «сын Шигуна». Поскольку прозвище Шигун не было календарным именем, фамилия относится к разряду «мирских», то есть возникла из бытового, нецерковного прозвища. Подобные фамилии часто встречались в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давали по характеру, поведению или привычкам.

Интересно, что фамилия Шигунов не имеет распространённых однокоренных «двойников» вроде Шиганов или Шигин — это говорит о том, что основа достаточно редкая и локальная. В ономастических справочниках её обычно связывают именно с севернорусской диалектной лексикой, а не с тюркскими или финно-угорскими заимствованиями, хотя полностью исключать иноязычное влияние нельзя — в некоторых говорах «шигун» могло быть переосмыслением местного слова.

Встречаемость фамилии невысока, что подтверждает её «штучное» происхождение: Шигуновы компактно живут в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о бытовании прозвища именно в этих регионах. Носитель фамилии может считать, что его предок был человеком быстрым, решительным или, напротив, резким на язык и на руку — но в любом случае, запоминающимся.