Фамилия Шпуникова образована от прозвища Шпуник, которое восходит к нарицательному «шпон», имеющему несколько значений. Прежде всего, так назывался столярный брусок, использующийся для связки досок; пластинка, вставляемая между строк. Поэтому можно предположить, что основатель рода Шпуниковых был столяром или типографом. В смоленским говорах шпоном называли запонку, застежку. Соответственно, Шпуником могли называть либо местного модника, либо педантичного, слишком аккуратного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шпуник, со временем получил фамилию Шпуникова.