Фамилия Штафинский звучит как типичная фамилия польского или западнорусского дворянства, но её основа выбивается из этого ряда. Суффикс -ский указывает на шляхетское или, реже, церковное происхождение: так оформляли фамилии по названию имения или местечка. Однако корень штаф- в русском и польском языке не связан ни с географическим названием, ни с именем собственным.

Самая вероятная версия отсылает к немецкому слову Stab (палка, жезл, посох) или его производным. В немецком языке есть слово Stab в значении «штаб» (военная структура), но для фамилии логичнее другое значение — «посох» или «шест». В польском языке закрепилось слово sztafa (подпорка, стойка), а также глагол sztafirować — наряжать, украшать, снаряжать. В старой польской речи так называли человека, который занимался снаряжением лошадей или повозок — своего рода шорник или экипировщик. В таком случае Штафинский — это потомок мастера, который «штафировал» (снаряжал) конную упряжь или военное обмундирование.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от топонима. В Польше и на западе Украины есть несколько мелких населённых пунктов с корнем Sztaf- (например, урочище Штафово). Тогда фамилия образована по стандартной схеме: владелец поместья Штафы или выходец из Штафова получал прозвание Штафинский.

Фамилия редкая, в массе не встречается. Её носители в XIX веке фиксировались в Волынской и Подольской губерниях, а также среди польской шляхты, перешедшей на русскую службу. Ударение в фамилии, судя по словообразованию, падает на второй слог: Штафи́нский.