Фамилия Штахонов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а немецкая или еврейская, а суффикс — русский, патронимический. Если разобрать её по составу, корень «Штахон» (или «Штах») не имеет очевидных славянских параллелей. Скорее всего, в основе лежит немецкая фамилия или прозвище Stach, Stachon, которые восходят к имени Евстахий (Eustachius) или к сокращённой форме от Станислав (Stach). В немецком языке Stach — это и уменьшительное от имени, и прозвище упрямого или колючего человека (от stach — «колючка»). Суффикс «-ов» присоединили уже в России, когда носителя записывали в документы: «чей будешь?» — «Штахонов», то есть сын или потомок Штаха.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: основа от немецкого Stach — «острый», «колкий». Тогда прозвище могли дать человеку с острым языком или худощавому, «колючему» на вид. Но в русском языке слово «штах» не встречается, поэтому фамилия явно указывает на контакт с иноязычной средой — либо через переселенцев (немцы Поволжья, Прибалтики), либо через еврейские семьи, где немецкий язык был распространён в быту.

Географически фамилия Штахонов встречается крайне редко, в основном на юге России и в бывших немецких колониях Украины. В дореволюционных списках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — возможно, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам отцов. Социально предки Штахоновых могли быть либо обрусевшими немцами-колонистами, либо крестьянами, получившими фамилию от местного помещика или писаря, который переделал на русский лад немецкое имя.

Однокоренных фамилий практически нет: Штахов, Штаховский — тоже редкость. А вот вариант Штахонов легко спутать со Стахановым, но это разные корни: Стаханов от имени Стахей (Евстафий), а Штахонов — от немецкого Stach. Разница в первой букве и в происхождении: Стаханов — чисто русская фамилия, Штахонов — результат межкультурного смешения.