Фамилия Штапкин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а немецкая, и попала в русский язык через ремесленную среду. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от имён (Иван — Иванов, Ильин) или прозвищ на -а/-я (Косой — Косин), здесь мы имеем дело с заимствованным корнем. Основа «штапк-» восходит к немецкому слову Stab (палка, жезл, посох) или его уменьшительной форме Stäbchen (палочка). В русских говорах «штап» или «штапик» — это деревянная планка, брусок, рейка, которой, например, крепили стекло в оконной раме. Именно это значение и стало прозвищем человека.

Вероятнее всего, первым носителем прозвища Штапка был столяр, плотник или стекольщик, работавший с деревянными планками. Прозвище дали по орудию труда или по характерной детали изделия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Штапкин, то есть сын или работник Штапки. Модель образования типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. В южнорусских областях на месте -ин чаще встречался бы суффикс -ов (Штапков), но вариант Штапкин закрепился именно в северной традиции.

Географически фамилия встречается очень локально — в основном в центральных областях России, с некоторым тяготением к регионам, где в XIX веке были развиты столярные и плотницкие промыслы (Владимирская, Нижегородская губернии). Вариант Штапкин мог также возникнуть как русификация немецкой фамилии Stapke или Stäpke, которую принесли переселенцы-ремесленники. В таком случае прозвище могло означать не «планку», а «палочника» — человека, носившего посох или работавшего с палками (например, изготовитель тростей). Обе версии сходятся на одном: предок Штапкиных был мастеровым человеком, связанным с обработкой дерева.

Есть и более прозаичная, но менее вероятная гипотеза: связь с диалектным глаголом «штапать» (ковылять, ходить с трудом) или «штапить» (шить, стёгать). Но в этом случае фамилия звучала бы как Штапин или Штапов, а не Штапкин. Поэтому ремесленная версия с немецким следом остаётся основной. Фамилия не получила широкого распространения, не стала дворянской и не обросла громкими историческими личностями — она осталась фамилией простого мастерового люда, что и делает её типичным примером профессионального прозвища, застывшего в суффиксе.