Фамилия Штенин — редкий случай в русском ономастиконе, где основа явно прозрачна, а происхождение чаще всего ведёт не в профессиональную или географическую сторону, а в прозвищную. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь работает суффикс -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — «Штенин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Штеня.

Само прозвище Штеня, скорее всего, образовано от глагола «штенить» — слова, которое в диалектах (особенно южнорусских и украинских) означало «смотреть украдкой», «подглядывать» или «высматривать». В словаре Даля зафиксирован и однокоренной «штень» — «вороватый взгляд», «подглядывание». Соответственно, Штенёй в крестьянской среде могли прозвать человека недоверчивого, скрытного или того, кто имел привычку следить за другими. Прозвище не несло грубой брани, но было метким и цепким — такие и ложились в основу фамилий.

Есть и вторая, менее вероятная версия — связь с немецкой фамилией Stenn или Stene, которая могла попасть в Россию через колонистов или пленных. Однако фамилия Штенин встречается почти исключительно в русских сёлах, а не в немецких колониях, и суффикс -ин здесь «работает» по русской, а не по немецкой модели. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически Штенины чаще всего фиксируются в центральных и южных областях России — в Воронежской, Тамбовской, Курской губерниях. Это зона, где диалектный глагол «штенить» был в ходу, что косвенно подтверждает прозвищное происхождение. Встречаемость фамилии невысокая, что типично для прозвищ, не ставших массовыми.

В написании фамилии стоит обратить внимание на отсутствие двойной «н» — вариант «Штеннин» (с двумя «н») возможен, но встречается реже и может быть результатом ошибки в документах или вторичного осмысления. Исходная форма — именно Штенин, с одним «н» в корне и суффиксом -ин.