Фамилия Штомполь — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка связано не с русским, а с польским или западно-украинским языковым миром. Основа фамилии — это польское слово sztompel или sztempel, которое в свою очередь заимствовано из немецкого Stempel. Означает оно «штемпель», «печать», «клеймо», а также «пестик» (для растирания в ступке) или «толкач».

Словообразовательная модель здесь простая, но нетипичная для великорусских фамилий. В русской традиции фамилии редко заканчиваются на «-оль» без суффикса (как, например, в фамилии Гоголь). Штомполь — это, скорее всего, прозвище, которое закрепилось за человеком без добавления фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Такая «голая» форма прозвищного типа характерна для польской шляхты и мещанства, а также для украинских казацких фамилий. Человек по прозвищу Штомполь мог быть печатником, мастером по изготовлению штампов, либо же получить прозвище за какую-то особенность — например, за коренастость или привычку стучать (как пестиком).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Польше и на Западной Украине есть топонимы, образованные от этого корня (например, Штомпель или Штомпелево). В таком случае фамилия могла возникнуть как указание на выходца из такого места, но звучала бы она скорее как Штомпельский или Штомпольский. Форма Штомполь указывает именно на прямое прозвище.

Сравните с однокоренными фамилиями: Штемпель, Штемпелев, Штемпельский. В отличие от них, Штомполь — более архаичный и редкий вариант, сохранивший исходную польскую огласовку. Встречается она преимущественно на территориях бывшей Речи Посполитой — в западных областях Украины, в Беларуси, а также среди потомков польской эмиграции. В России фамилия Штомполь — большая редкость, её носители, скорее всего, потомки переселенцев с запада.