Фамилия Шторхунов — редкий случай, когда основа с первого взгляда кажется иноязычной, а на деле оказывается исконно русской, но с неочевидной историей. Первое, что приходит в голову — немецкое Storch (аист) или шведское storm (буря). Однако в русской ономастике такие прямые заимствования в крестьянской среде почти не встречались, а фамилия Шторхунов — типично русская по модели образования: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть предка звали Шторхун.

Корень «шторх-» здесь, скорее всего, вариант слова «сторч» или «сторчь» — в диалектах так называли торчащий кол, острый шест, а также нечто торчащее вверх. В псковских и тверских говорах «шторкать» означало «тыкать, совать», а «што́рх» — резкий толчок или тычок. Отсюда легко могло возникнуть прозвище Шторхун — человек неуклюжий, постоянно задевающий предметы, либо, наоборот, резкий и настырный. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия географически привязана к северо-западу России: наибольшая концентрация Шторхуновых зафиксирована в Новгородской и Псковской областях, где такие говоры были в ходу.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским «штур» или «штора» — так в некоторых тюркских языках называли вид дикого гуся или лебедя. Но в русских документах следов такой основы не обнаружено, к тому же суффикс -ун- в русских прозвищах (как в «крикун», «болтун») типичен для характеристики человека, а не птицы. Поэтому прозвищное происхождение от диалектного глагола остаётся основным.

Социальный контекст фамилии прост: Шторхуновы — это потомки крестьян или посадских людей, которые получили прозвище по поведению или внешней особенности. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, в списках купеческих гильдий XIX века тоже не встречается. Это редкая, локальная фамилия, сохранившая в основе живое диалектное слово, которое сегодня почти забыто.