Фамилия Шубенин образована от прозвища Шубеня. Оно ведет свое начало от нарицательного «шуба», значение которого В. Кроме того, в вологодских говорах шубой называли теплое одеяло, а в московских - сарафан. Вероятно, прозвище Шубеня относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься пошивом меховых изделий или женской одежды либо быть торговцем пушниной или одеялами. Так и прозвище Шубеня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шубенин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шубеня, со временем получил фамилию Шубенин.