Фамилия Шубеничев образована от прозвища Шубеник или Шубенич, и её разбор стоит начать с суффикса. В основе лежит слово «шуба» — верхняя одежда на меху. Суффикс «-ик» в прозвище Шубеник указывал на человека, связанного с шубами: мастера-скорняка, торговца или просто того, кто носил характерную шубу. Формант «-ичев» — это вариант патронимического суффикса «-ич» с добавлением «-ев»: Шубеничев буквально означает «сын Шубенича» или «потомок Шубеника». Такая модель встречается реже, чем стандартные «-ов» или «-ин», что делает фамилию морфологически примечательной.

Скорее всего, предок носителя этой фамилии был ремесленником. В русских говорах «шубеник» — это скорняк, выделывающий овчины и шьющий тулупы. В XVI–XVII веках такие мастера составляли отдельную профессиональную группу, часто селились слободами и получали прозвища по роду занятий. Возможен и второй вариант: прозвище могли дать человеку, который всегда ходил в одной и той же шубе, то есть оно было не ремесленным, а бытовым, но первая версия выглядит убедительнее из-за прямого значения слова.

Географически фамилия редкая и тяготеет к северо-западным и центральным областям России. Встречается в тверских, псковских и новгородских землях, где традиционно было развито овчинное производство. В дореволюционных переписях Шубеничевы фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает ремесленное происхождение.

В ономастических трудах эта фамилия не получила подробного разбора, но её однокоренные «родственники» — Шубин, Шубников, Шубенков — хорошо известны. Шубеничев стоит особняком из-за редкого суффиксального оформления, которое выдает более архаичную модель именования по отчеству от прозвища с «-ич». Если сравнивать, то фамилии на «-ичев» (как Кузьмичев, Степаничев) чаще образовывались от канонических имен, а здесь основа прозвищная, что добавляет фамилии исторической ценности.