Фамилия Шубенцева — женская форма фамилии Шубенцев, и ее происхождение напрямую связано с прозвищем, ремеслом или географическим названием. В основе лежит слово «шуб(а)» или «шубен(ь)», но суффикс «-енцев» указывает на особую модель образования, отличающую эту фамилию от более простых Шубин или Шубов.

Самый вероятный корень — прозвище Шубенец. В старину «шубенцем» могли называть мастера по шитью шуб (скорняка) или человека, который постоянно носил богатую шубу, выделяясь этим среди односельчан. Суффикс «-ец» часто давал прозвища по характерному признаку или занятию: кузнец, певец, швец. От прозвища Шубенец через притяжательное прилагательное («чей?» — Шубенцев) и образовалась фамилия. Таким образом, первый носитель фамилии Шубенцев был либо сыном, либо потомком человека по прозвищу Шубенец.

Менее распространенная, но возможная версия — топонимическая. В России есть несколько небольших населенных пунктов с названием Шубенцы, Шубенское или Шубенка. Фамилия могла закрепиться за выходцем из такой деревни: «откуда?» — из Шубенцев. Однако эта версия слабее, так как суффикс «-цев» в русских фамилиях чаще указывает на отчество или прозвище, чем на место жительства (для последнего типичнее суффикс «-ский»: Шубенский).

Словообразовательная модель «Шуб- + -ен(ь) + -ец + -ев» встречается нечасто. Она роднит фамилию с такими редкими вариантами, как Рыбенцев (от рыбенец — рыбак) или Кожевенцев (от кожевенец — кожевник). В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии классифицируются как образованные от прозвищ с суффиксом «-ец», что подтверждает ремесленную версию.

Фамилия Шубенцева не относится к числу широко распространенных. Ее очаги, по данным современных исследований, тяготеют к центральным и северо-западным областям России — к регионам, где было развито скорняжное дело и овцеводство. Сословная принадлежность первых Шубенцевых, скорее всего, была крестьянской или мещанской, но не исключено, что среди них были и мастера-ремесленники, работавшие на барских дворах.