Фамилия Шубернецкая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Основа фамилии — топоним, а суффикс -ецк- прямо указывает на польскую или западнорусскую модель образования: так называли выходца из конкретного места. Скорее всего, перед нами «шубернец» — житель села или местечка с названием вроде Шубернек, Шуберня или Шубернево. Такие названия встречаются в исторических землях Речи Посполитой, в частности на территории современной Беларуси или Западной Украины, где фамилии на -ский/-цкий особенно распространены. Окончание -ая — типично русское склонение, закрепившееся в женской форме при переносе фамилии в российскую бюрократию.

Корень шубер- звучит не по-славянски. Самое правдоподобное объяснение — немецкое или идишское происхождение основы. В немецком языке «Schuber» может быть вариантом фамилии или прозвища, связанного с ремеслом: от «schieben» (толкать, двигать) или диалектного названия сапожника (Schuster в искажённой форме). В польском и украинском языках этот корень мог закрепиться как заимствование — например, через еврейские фамилии, которые часто адаптировали немецкие основы. Таким образом, предок Шубернецкой мог быть переселенцем из немецкоязычных колоний или потомком ремесленника, а саму фамилию дали по месту, где жили эти «шуберы».

Менее вероятна, но допустима версия, что в основе лежит диалектный глагол «шуберить» (шуметь, возиться) или существительное «шубер» (беспорядок, суета) — такие слова фиксируются в некоторых говорах Псковщины и Смоленщины. Однако в этом случае логичнее было бы ожидать фамилии вроде Шуберин или Шубернов, а не на -цкий. Формант -ецк- выдаёт дворянскую или шляхетскую модель: в Речи Посполитой так оформляли фамилии землевладельцев, но со временем этот суффикс «демократизировался» и перешёл к крестьянам и мещанам, переселявшимся из одного села в другое.

Искать однокоренные фамилии стоит среди Шубернецких, Шуберских, Шуберовских — все они, скорее всего, восходят к одному и тому же топониму. В современной России фамилия Шубернецкая встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев с запада. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не известно, что только подтверждает её локальный, «гнездовой» характер: она привязана к конкретному месту, а не к сословию или профессии в широком смысле.