Фамилия Шубернель — редкая и нестандартная для русского ономастикона. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -ель прямо указывает на западное, скорее всего, немецкое или французское происхождение. Скорее всего, это русифицированная форма немецкой фамилии Schubernell или французской Chubernel, которая попала в Россию вместе с переселенцами или специалистами, приглашёнными на службу в XVIII-XIX веках.

Ядро фамилии — корень «шуб-», который отсылает к немецкому слову «Schub» (толчок, выдвижной ящик) или к глаголу «schieben» (двигать, толкать). В южнонемецких диалектах «Schuber» могло означать того, кто работает с выдвижными механизмами, например, столяра, изготавливающего ящики, или возчика, толкающего телегу. Вторая часть — «нель» — вероятно, уменьшительный суффикс (как в немецких фамилиях типа Küchel, Möbel), который в русской передаче превратился в «-ель». Таким образом, Шубернель — это «маленький Шуберт» или «тот, кто связан с Шубертом», где Шуберт — распространённая немецкая фамилия от того же корня, означающая «сапожник» (от «Schuh» — башмак, и «-er» — деятель). Но версия с сапожником менее вероятна, так как в фамилии нет буквы «х» (Schuh), а есть «шуб» (Schub).

Встречаемость фамилии в России крайне мала. Носители Шубернель, скорее всего, потомки немецких колонистов, осевших в Поволжье, на Волыни или в Причерноморье в эпоху Екатерины II. В официальных документах фамилия могла искажаться: писари на слух записывали её как «Шубернел», «Шубернель» или даже «Шубернельд». Другой, менее вероятный, вариант — происхождение из среды французских гугенотов, бежавших в Россию: тогда корнем могло быть французское «chou» (капуста) или диалектное прозвище, но убедительных лингвистических подтверждений этому нет.

Поскольку фамилия не попала в основные дореволюционные справочники (например, в списки дворянских родов или купеческих гильдий), её носители, скорее всего, относились к мещанскому или крестьянскому сословию. В современной России Шубернель — фамилия-раритет, и каждый её носитель, вероятно, связан с одной из немногочисленных семей, сохранивших память о немецких или прибалтийских корнях.