Фамилия Шубер — редкий для России случай, когда немецкая основа закрепилась без типичного русского суффикса. Она пришла в страну вместе с переселенцами из германских земель, и её форма осталась почти нетронутой: в русском языке нет суффикса -ер, который указывал бы на профессию, так что фамилия сохранила исходный облик.

В основе лежит немецкое слово Schuber — вариант написания фамилии Schober. В южнонемецких диалектах так называли того, кто складывает сено в стога, или просто крестьянина, занятого на уборке урожая. Другая версия связывает корень с Schubert — сапожником, но это менее вероятно: форма Шубер короче, и в документах XIX века она чаще встречается именно как Schuber, без окончания -t. В ономастических справочниках по немецким фамилиям (например, у Макса Готтшальда) Schober и Schuber считаются вариантами одного прозвища, данного по роду занятий.

В России фамилия Шубер не получила широкого распространения. Её носители — в основном потомки немецких колонистов, осевших в Поволжье, на юге Украины и в Причерноморье в конце XVIII — первой половине XIX века. В метрических книгах лютеранских приходов Саратовской и Самарской губерний фамилия фиксируется с 1820-х годов. Встречается она и у евреев-ашкеназов, но там написание могло быть адаптировано под идиш, а корень тот же — профессиональная характеристика.

С точки зрения словообразования, Шубер стоит в ряду фамилий, которые в русском языке не получили патронимического суффикса (-ов, -ин). Это указывает на позднее заимствование: носители уже имели сложившуюся фамилию к моменту переезда, и её не стали русифицировать. В отличие от Шуберова или Шуберина, которые могли бы появиться, если бы фамилия осваивалась через крестьянскую среду, Шубер осталась «чужой» по форме — и в этом её главная особенность.

В современной России фамилия редкая, встречается в основном в городах, куда в XX веке мигрировали потомки немцев. Поиск по базам данных показывает единичные случаи в Волгоградской, Саратовской областях и в Краснодарском крае.