Фамилия Шубертов — один из тех случаев, когда внешне русская форма скрывает нерусское происхождение. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая модель на -ов: Шуберт + -ов. Но основа здесь не славянская, а немецкая. Фамилия образована от личного имени или прозвища Шуберт, которое в немецком языке означает «сапожник» (Schuh — «башмак», Macher — «делатель»). Таким образом, прозвище указывало на ремесло — человека, который шил обувь.

В русской среде фамилия Шубертов появилась, скорее всего, в среде обрусевших немцев или через контакты с немецкими колонистами, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Россию. Прибавление русского патронимического суффикса -ов — характерный способ адаптации иноязычных фамилий: немецкое окончание отсекалось, а корень оформлялся по русской модели. Сравните: Шмидт → Шмидтов, Фишер → Фишеров, Шуберт → Шубертов.

Интересно, что фамилия Шубертов — относительно редкая. В отличие от просто Шуберт, которая встречается и у немцев, и у русских (как вариант без русификации), форма с -ов указывает на то, что носитель или его предки уже давно жили в русскоязычной среде и фамилия успела «обрусеть» грамматически. Географически Шубертовы чаще всего встречаются в регионах Поволжья, где были немецкие колонии, а также на Урале и в Сибири — местах переселения немецких специалистов.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия могла возникнуть самостоятельно на русской почве от прозвища Шуберт, данного русскому человеку, который носил шубу или торговал мехом. Но это лишь народная этимология: слово «шуба» в русском языке действительно есть, а суффикс -ерт для русских прозвищ нетипичен. Правдоподобнее всё же немецкий след.

Словообразовательная модель проста: корень Шуберт- + суффикс -ов. Ударение, скорее всего, на первый слог: Шу́бертов. Встречаются варианты написания с одной «б» (Шубертов) — это следствие упрощения в устной речи, но исходная немецкая форма пишется с двумя: Schubert.