Фамилия Шубарнель — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и в ней нет привычных для русских фамилий суффиксов (-ов, -ев, -ин). Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или семинарского происхождения, то есть образованная в среде духовенства.

Основа «шубар» может отсылать к немецкому или польскому слову «szubar» (шуба, мех) или к польскому «szubrawiec» (негодяй, проходимец). Но гораздо правдоподобнее, что корень — от немецкого «Schaub» (сноп, пучок) или «Schober» (стог, скирда). Вторая часть — «нель» — типичное окончание для фамилий, созданных по образцу французских (с суффиксом -ель, -эль). В семинарской среде XVIII–XIX веков было модно латинизировать или «офранцуживать» простые русские или немецкие корни, чтобы придать фамилии благозвучие и учёный вид.

Таким образом, Шубарнель могла возникнуть как переделка немецкой фамилии Шуберт (Schubert — сапожник) или Шобер (Schober — стог). Студент духовной академии или семинарии, носивший изначально фамилию Шубский, Шубин или Шубарь, мог по окончании курса получить от начальства новую, «красивую» фамилию — Шубарнель. Это делалось для того, чтобы выделить выпускника или скрыть его простонародное происхождение.

Версия с польским влиянием тоже имеет право на существование: в Речи Посполитой фамилии на -ель (Корнель, Рафаэль, Габриэль) были распространены, и Шубарнель могла быть ополяченной формой немецкого прозвища. Но учитывая географию — такие фамилии чаще встречаются в центральных и южных губерниях России, а не в западных, — семинарское происхождение выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Носители Шубарнель — это, скорее всего, потомки священнослужителей или выходцев из духовного сословия, получивших фамилию по окончании училища. Разобрать её на морфемы в рамках русской модели не получится: здесь работает не народная, а книжная, канцелярская традиция имянаречения.