Фамилия Шубарина — женская форма от Шубарин, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, так как модель образования здесь стандартная и прозрачная. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шубарин — это «сын Шубары» или «человек из рода Шубары». Основа — прозвище или некалендарное имя Шубара.

Корень «шуб-» прямо отсылает к верхней одежде — шубе. В русских говорах «шубарой» могли называть не просто того, кто носит шубу, а человека, который шьёт шубы, торгует ими или, напротив, ходит в плохой, изношенной шубе. В ономастике закрепилось: прозвища по предметам одежды часто давали ремесленникам. Шубара — скорее всего, скорняк или кожушник, мастер по выделке овчины и пошиву тулупов. Это более правдоподобно, чем прозвище по внешнему признаку («человек в шубе»), потому что на Руси шубу носило большинство крестьян зимой, и такая примета была бы слишком общей.

Встречается и версия, что «шубара» — диалектное слово со значением «неряха, растрёпа» (от «шубар» — лохмотья, ветошь). В этом случае фамилия могла закрепиться за неопрятным или бедно одетым человеком. Но для XVII–XVIII веков, когда фамилии активно оформлялись, более типична связь с профессией: скорняки и портные оставили много фамилий по роду занятий (Шубин, Шубников, Шубенков). Шубарин в этом ряду — один из вариантов, с редким суффиксом -ар(а), который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните: Кожара, Гончара).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписных книгах XVII века Шубарины фиксируются в Вятке и на Урале — традиционных центрах скорняжного промысла. В более поздних метрических книгах XIX века носители фамилии встречаются в Пермской и Вологодской губерниях. Это косвенно подтверждает ремесленную, а не случайную природу прозвища.

О сословной принадлежности говорить сложно: Шубарины могли быть как государственными крестьянами, так и посадскими людьми. Дворянской ветви с такой фамилией в родословных книгах не отмечено. По сути, фамилия Шубарин — это прямое указание на то, чем кормилась семья: выделка кож и пошив тёплой одежды.