Фамилия Шубкин восходит к прозвищу Шубка, которое связано с нарицательным «шуба». Поэтому можно предположить, что родоначальник Шубкиных был мастером по пошиву шуб. Веселовского упоминаются родственные фамилии: Шубаев Ананий Максимович, 1535 г., Пошехонье; Шубарников Вохно, крестьянин, 1559 г., Обонежье; Шубинский Ратман Тимофеевич, новик, сын выезжего иноземца, 1596 г., Углич; Шубинские, конец XVI в. и позже, Углич. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шубка, со временем получил фамилию Шубкин.