Фамилия Шубёкин — редкий случай, когда ударение на ё не оставляет сомнений в произношении, но зато порождает вопросы о происхождении. В основе лежит корень «шуб-», который сразу отсылает к слову «шуба». Однако суффикс «-ёк-» в русских фамилиях встречается нечасто и указывает на нестандартную словообразовательную модель. Чаще всего фамилии на -ёкин образуются от прозвищ с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ёк: например, Козёл — Козёлкин, Пёс — Пескин (с утратой ё). В случае Шубёкина исходным могло быть прозвище Шубёк — так могли называть человека, носившего особенно заметную, дорогую или, наоборот, старую и потрёпанную шубу. Прозвища по одежде на Руси были распространены: Шуба, Шубник, Шубкин. Шубёк — уменьшительная форма, которая могла закрепиться за человеком иронично или ласково.

По другой версии, фамилия могла возникнуть от имени или прозвища Шубейка, Шубей — вариантов, встречающихся в псковских и новгородских говорах. В таком случае суффикс -ин дал бы Шубейкин, но со временем произошло стяжение и утрата «й», что дало форму Шубёкин. Эта гипотеза объясняет редкость фамилии: она могла быть локальной, бытовавшей в узком ареале. Ни один из крупных ономастических словарей — ни Унбегауна, ни Никонова — не упоминает фамилию Шубёкин, что подтверждает её нетипичность и, вероятно, позднее оформление.

С социальной точки зрения, предки Шубёкиных скорее всего относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилии на -ин и -ов в центральной России получали в основном после отмены крепостного права, а прозвище по одежде указывает на бытовую, незнатную среду. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая: по открытым данным, носителей Шубёкиных в России — единицы, и основная часть проживает в центральных областях, что говорит о сохранении локального корня. Если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки жили в небольшой деревне, где прозвище Шубёк было понятно всем соседям.