Фамилия Шубекина — женская форма фамилии Шубекин. В основе лежит прозвище Шубека. Скорее всего, так в старину называли человека, носившего шубу, либо мастера по их изготовлению — скорняка. В русских говорах «шуба» имела не только прямое значение, но и переносное: так могли назвать медлительного, неповоротливого человека (как в шубе тяжело идти). Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шубекин, то есть сын или потомок Шубеки.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шубить», означавшим «шуметь, буянить». Тогда Шубека — прозвище крикливого или скандального человека. Однако эта версия слабее, так как глагол редкий и локальный, а прозвища от названий одежды встречаются повсеместно.

Фамилия Шубекин (и Шубекина) фиксируется в основном в центральных и северных областях России, где скорняжный промысел был развит. Встречается в старых документах по Вологодской, Костромской и Вятской губерниям. Примечательно, что в некоторых переписях XIX века фамилия записывалась как «Шубекины» — с ударением на второй слог, что указывает на происхождение от формы «Шубека», а не от более позднего «Шубка». Сравните с однокоренными: Шубин, Шубников, Шубодеров — все они связаны с шубным делом, но Шубекина выделяется уменьшительным суффиксом -к-, который в прозвищах часто придавал оттенок ироничной ласкательности: Шубека — «шуба, да небольшая» или «шуба, но не важная».