Фамилия Шуфлин — редкий пример, где корень почти наверняка не славянский, а заимствованный, и разбирать её стоит не с привычного «от имени или прозвища», а с географии и звукового состава. Основа «шуфл-» совершенно нетипична для русских нарицательных слов: в ней нет ни привычного «шум», ни «шуба», ни глагольных корней. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия образована от прозвища или имени Шуфла, Шуфло.

Самая правдоподобная версия ведёт к немецкому или еврейскому (идиш) корню. В немецком языке есть слово Schuffel — «лопата», «совок», а также глагол schuffeln — «грести», «перемешивать». В южных и центральных говорах Германии так могли прозвать землекопа, могильщика или человека, занятого рыхлением почвы. Фамилия Шуфлин (Schufflin) встречается в исторических документах Эльзаса и Баден-Вюртемберга, откуда в XVIII–XIX веках переселенцы попадали в Российскую империю. Альтернативный вариант — от идишского shufl, того же значения; в таком случае фамилия могла принадлежать ремесленнику, работавшему с лопатой (строитель, землекоп), или, в переносном смысле, человеку с характерной манерой движения.

Менее вероятна, но не исключена связь с польским szufla («лопата») — тогда фамилия могла возникнуть на западнорусских землях (Белоруссия, Украина) под польским влиянием. Однако суффикс -ин, а не -ов, чаще встречается у фамилий из регионов, где было сильное немецкое или еврейское население (Прибалтика, Поволжье, Новороссия). Если бы корень был чисто русским, мы бы ожидали форму Шуфлов или Шуфелев.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Шуфлин не упоминается — это подтверждает её нерусское происхождение. В метрических книгах XIX века Шуфлины изредка фиксируются среди колонистов Самарской и Саратовской губерний, а также в Одесском уезде. Сословно это были, скорее всего, мещане или государственные крестьяне — не дворяне, не купцы первой гильдии.

Единичные носители фамилии сегодня живут в России, на Украине и в Израиле. Встречается вариант написания Шуфлин с двойным «ф» (Шуффлин) — он точнее передаёт немецкое Schufflin, но в русской традиции прижился более короткий.