Фамилия Шуинов — одна из тех, где корень на первый взгляд прозрачен, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько версий. Самое распространённое объяснение — отчество от прозвища Шуй, которое, в свою очередь, связано с названием города Шуя (ныне Ивановская область). В старину выходца из этого города могли прозвать Шуей или Шуичем, а его сын становился Шуиновым. В пользу этой версии говорит и географическая привязка: фамилия встречается в центральных русских областях, особенно в бывшей Владимирской губернии, куда исторически входила Шуя.

Однако есть и альтернативное, более редкое объяснение. В северных и сибирских говорах слово «шуй» означало левый, неправый, а в переносном смысле — кривой, косой, нечестный человек. Прозвище Шуй мог получить хитрец или человек с физическим недостатком (левша, косой). Если принять эту версию, то Шуинов — «сын Шуя», то есть потомок того, кого так прозвали за характер или внешность. Суффикс -ов здесь стандартный, указывающий на прямое отчество от мужского прозвища на твёрдую согласную.

Менее вероятно, но стоит упомянуть, что в древнерусском «шуйца» — левая рука. В этом случае прозвище Шуй могло закрепиться за левшой. В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» фамилии на -инов от топонимов (вроде Шуинов) рассматриваются как типичные для центральной России, хотя прямого упоминания этой фамилии у него нет. Спор между топонимической и прозвищной версиями решается просто: если верить архивным записям XVII–XVIII веков, в Шуе и её окрестностях фамилия Шуинов встречается чаще, чем где-либо, а значит, связь с городом — самая правдоподобная.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шуйский — дворянская форма, указывающая на владение землёй в Шуе; Шуин — более краткий вариант, тоже от прозвища; Шуинов же стоит особняком, подчёркивая именно «сыновство» от прозвища, а не просто принадлежность. Социально предки Шуиновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, так как дворянские роды предпочитали фамилии на -ский. Никаких громких исторических носителей этой фамилии не зафиксировано, что только подтверждает её народное, бытовое происхождение.