Фамилия Шуйнова — женская форма от Шуйнов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Шуйный. В основе лежит древнерусское слово «шуй», «шуя» — левый. В славянской традиции «шуйца» означала левую руку, а «шуйный» — левый, неправый, а иногда и «нечистый», связанный с тёмными силами.

Прозвище Шуйный могли дать человеку-левше. В крестьянском быту, где большинство орудий (коса, серп, топор) были заточены под правую руку, леворукость была заметной особенностью. За человеком закреплялось прозвище, которое позже перешло в фамилию. Альтернативная, менее вероятная версия связывает фамилию с названием города Шуя (Ивановская область): Шуйнов мог быть выходцем оттуда. Но суффикс -ов, а не -ский или -итин, чаще указывает на прозвище, а не на географическое происхождение.

Модель образования проста: основа «шуйн-» (от «шуйный») плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Первоначально Шуйнов — «сын Шуйного». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Шу́йнов. Фамилия редкая, встречается в центральных областях России, особенно в Нижегородской и Владимирской губерниях, что подтверждается данными переписей XIX века. В отличие от распространённых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Шуйнова сохраняет связь с конкретным физическим признаком предка — его леворукостью.