Фамилия Шуинова — женская форма фамилии Шуинов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой мужского варианта. На первый взгляд, корень «шу-» кажется неочевидным, но здесь всё просто и прозрачно: фамилия образована от прозвища или имени Шуй, а суффикс «-ов» указывает на принадлежность («чей?» — Шуинов, то есть сын или потомок Шуя). Ключевой момент — слово «шуй» в древнерусском языке означало «левый». В старину «шуйца» — это левая рука, а «шуй» — левый. Соответственно, прозвище Шуй могли дать человеку, который был левшой, или, что реже, тому, кто жил по левую руку от кого-то (например, от вождя или старшего в роду). В русских говорах встречались и диалектные варианты: «шуй» могло означать «кривой», «неловкий», но основная версия — именно леворукость.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на «-й» (как Шуй, Хромой, Косой) давало основу для притяжательного прилагательного с суффиксом «-ов». Это указывает на то, что предок носителя фамилии был простым человеком, скорее всего, крестьянином или ремесленником, — такие прозвища редко давали знати, они бытовали в среде, где людей называли по заметным внешним или поведенческим чертам. В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, подобные фамилии от прилагательных-прозвищ описываются как одни из самых древних в русской антропонимии.

Географически фамилия Шуинов (и Шуинова) встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Владимирской, Костромской и Ярославской губерниях. Это не случайно: там были распространены диалектные слова с корнем «шу-», а также существовал город Шуя, название которого тоже связано с левой стороной (река Шуя — «левая»). Однако связь фамилии именно с городом маловероятна: прозвище Шуй старше топонимов, и фамилия Шуинов — это не «выходец из Шуи», а потомок человека по прозвищу Шуй. Встречаются и однокоренные фамилии: Шуйский, Шуев, Шуйков — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, что указывает на разные региональные или социальные варианты образования. Шуинова — форма, которая закрепилась в женской линии, и её носительницы могут проследить свои корни в тех же областях, где жили «леворукие» предки.