Фамилия Шукене — редкая для русского уха, и её происхождение почти наверняка не славянское. Скорее всего, перед нами литовская или жемайтская фамилия, оформленная по балтийской модели. В литовском языке фамилии женщин часто оканчиваются на -ене (-ienė) или -уте (-utė), -ите (-ytė). Шукене — это, по всей видимости, женская форма от мужской фамилии Шукис (Šukys) или Шукас (Šukas). Суффикс -ене указывает на замужнюю женщину: Шукене значит «жена Шукиса».

Основа — литовское слово šukė, которое переводится как «осколок», «черепок», «щепка». В переносном смысле так могли прозвать человека с острым, колким характером, либо того, кто был худым, «ломким» на вид. Есть и другая версия: šukė в некоторых говорах означает «гребень» (для волос или для льна), так что фамилия могла достаться гребенщику, мастеру по расчёскам, или просто человеку с пышной шевелюрой. Слово «шукас» (šukas) — это уже «гребень» как предмет.

В Литве фамилия Šukienė не редкость, особенно в северных и центральных районах. В России, Беларуси или Польше она могла появиться в результате миграций или полонизации литовских фамилий. Если носитель живёт в русскоязычной среде, то окончание -е воспринимается как неизменяемое, и фамилия склоняется по правилам женских фамилий на согласный (Шукене, Шукене, Шукене), хотя по-литовски она склонялась бы иначе.

Сравните с однокоренными балтийскими фамилиями: Шукис, Шукевич (белорусизированный вариант), Шукайтис. Все они восходят к тому же корню со значением «осколок» или «гребень». В русских говорах аналогов практически нет, что лишний раз подтверждает иноязычное происхождение. Так что предки носителей фамилии Шукене — скорее всего, литовские крестьяне или ремесленники, а сама фамилия — это не прозвище, а указание на семейное положение и принадлежность к роду Шукисов.