Фамилия Шукеновы — одна из тех, что сразу указывает на географию и этнические корни. Её основа — личное имя Шукен, которое в тюркских языках (особенно в казахском) восходит к арабскому «шукур» — «благодарность», «хвала». Это имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок рос благодарным, или как сокращённая форма от более длинных имён вроде Шукуржан. Русский суффикс -ов, добавленный к тюркскому имени, — стандартный способ русификации фамилий в XIX–XX веках, когда представители казахских и других тюркских родов получали документы на русском языке.

Если разбирать словообразовательную модель, то фамилия Шукеновы образована по типу «имя + -ов». Это патронимическая модель: Шукенов буквально значит «сын Шукена» или «из рода Шукена». В русской ономастике такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и казаков, но в данном случае она наложилась на тюркскую антропонимию. Интересно, что в казахском языке нет суффикса -ов, поэтому сама фамилия — продукт административного учёта, а не народной традиции.

Географически фамилия Шукеновы чаще всего встречается в Казахстане и среди казахов, живущих в приграничных регионах России — Астраханской, Оренбургской, Омской областях. Встречается и в Башкортостане, где тюркские имена тоже были распространены. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о сравнительно небольшом роде или о том, что фамилия закрепилась относительно поздно, уже в советское время, когда многие казахи получили паспорта.

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет. Иногда её путают с фамилией Шукенов, образованной от русского прозвища Шука (щука), но это маловероятно: в тюркской среде имя Шукен имеет прозрачную арабскую этимологию, а прозвище от рыбы для тюркского контекста нетипично. Так что основная и единственная правдоподобная версия — от имени Шукен, которое несёт пожелание благодарности и добра.