Фамилия Шукеев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на й. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шукей. Это имя, скорее всего, тюркского происхождения, что неудивительно: фамилия бытует в Поволжье, на Урале и в Сибири, в зоне активных контактов русских с татарами, башкирами и другими тюркскими народами.

Корень «шук» в тюркских языках имеет несколько значений. В казахском и татарском «шук» означает «тихий», «спокойный», «смирный». Прозвище Шукей могли дать человеку с таким характером. Другая версия связывает основу с тюркским «шукы» — «сова». В этом случае прозвище носило тотемный или ироничный оттенок: сову на Востоке часто считали не мудрой, а нечистой или глупой птицей, поэтому прозвище могло закрепиться за нелюдимым или нерасторопным человеком.

Менее вероятна, но возможна связь с русским диалектным словом «шукать» — искать, разыскивать. Шукеем могли прозвать суетливого или дотошного человека. Однако в пользу тюркского происхождения говорит и то, что фамилия Шукеев встречается в основном у татар, башкир и казахов, а у русских — в регионах с тюркским населением. В документах XVII–XVIII веков, например, в переписях служилых татар Казанского уезда, нередко фиксировались имена Шукей, Шукейка.

Таким образом, фамилия Шукеев — это типичный пример русской фамилии, возникшей на тюркской основе. Предки носителя, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, либо русскими, перенявшими прозвище от соседей-тюрков. Значение фамилии — «сын Шукея», то есть потомок человека, которого за спокойный нрав или внешнее сходство прозвали Тихим, Смирным или Совой.