Фамилия Шухнов — один из тех случаев, когда суффикс -ов скрывает необычную основу. В русских фамилиях этот суффикс обычно указывает на принадлежность: «чей?» — сын такого-то. Но если основа Шухн- не является очевидным крестильным именем, мы ищем прозвище или диалектное слово.

Самая прямая версия связывает фамилию с древнерусским некалендарным именем Шухно. Такие имена, образованные от глагола «шухать» (то есть «пугать, прогонять» или, по другим говорам, «шушукаться, шептать»), встречались в новгородских и псковских землях. В берестяных грамотах и писцовых книгах XV–XVI веков попадаются люди с прозвищем Шух, Шуха, Шухно — скорее всего, так называли либо тихого, шепчущего человека, либо, наоборот, того, кто любил пугать или был пугливым. Фамилия Шухнов, таким образом, означает «сын Шухна» и закрепилась за потомками человека с таким прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Шухный, то есть «тот, кто шухнул» (в значении «спугнул» или «ударил»). В русских диалектах слово «шухнуть» имело и значение «ударить», и «бросить», и «испугать». Прозвище могли дать человеку с резкими, порывистыми движениями или вспыльчивым характером.

Фамилия Шухнов — довольно редкая. По данным переписей и справочников, её очаги тяготеют к северо-западу России: Псковская, Новгородская, Ленинградская области. Это косвенно подтверждает версию о новгородском происхождении — именно там были особенно распространены некалендарные имена и прозвища на -хно (вроде Михно, Стехно, Шухно).

Встречается также вариант написания Шухновъ (с твёрдым знаком на конце) в дореволюционных документах, но это чисто орфографическая особенность, не меняющая значения. Иногда фамилию путают с Шухов или Шухин, но у них разные суффиксы и, вероятно, разные основы: Шухов скорее от имени Шух (сокращение от Александр), а Шухин — от Шуха. Шухнов же прочно держится за редкую модель имени на -хно.