Фамилия Шухнин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — Шухн- или Шухня. Такой тип фамилий указывает на принадлежность человеку: «чей?» — «Шухнин», то есть сын или потомок Шухни.

Корень фамилии уходит в некалендарное русское имя или прозвище Шухня. Вероятнее всего, оно связано с глаголом «шухать» или «шухнуть», который в северных и сибирских говорах означал «кричать, гоготать, шуметь», а также «прятаться, таиться». В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «шухнуть» — «утихнуть, затихнуть, притаиться». Таким образом, прозвище могло быть дано человеку с громким голосом или, наоборот, тихому и скрытному — в зависимости от того, какое значение бытовало в местности.

Фамилия Шухнин — относительно редкая. Она встречается преимущественно в регионах, где активно жил северный говор: в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это не случайно: именно в этих местах слово «шухня» сохранилось как диалектное название для какого-нибудь предмета или действия. В некоторых говорах «шухня» — это мелкая рыбешка, в других — нечто мелкое и незначительное. Возможно, прозвище Шухня носило ироничный оттенок и давалось невысокому или суетливому человеку.

В написании фамилии встречается вариант Шухнин (с одним «н»), что соответствует стандартному русскому форманту -ин. Двойное «н» в фамилиях на -ин — ошибка, так как суффикс присоединяется к основе без наращения. По сословному составу Шухнины, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в ранних документах как боярская или княжеская. Первые упоминания в переписных книгах XVII–XVIII веков могут относиться к крестьянам северных уездов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шухин, Шухов, Шухтин — показывает, что Шухнин стоит особняком: суффикс -ин здесь не от отчества на -ов/-ев, а от прозвища на -ня, что типично для северной традиции. Это делает фамилию лингвистически интересной: она сохранила архаичную словообразовательную модель, почти исчезнувшую в центральных говорах.