Фамилия Шухнова — женская форма фамилии Шухнов, и её происхождение связано с прозвищем или мирским именем, лежащим в основе. Чтобы понять, что оно означало, нужно разобрать корень «шух-». В русских говорах слово «шуха» имело несколько значений: так могли называть неповоротливого, медлительного человека, а в некоторых диалектах — и просто «пугало», «чучело». Прозвище Шуха, скорее всего, давали человеку с неторопливой походкой или неопрятным, мешковатым видом. Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «шухарить» (воровать, плутовать), но она слабее подкреплена диалектными источниками.

Фамилия образована по стандартной модели: от прозвища Шуха с помощью патронимического суффикса -нов (сокращение от -н-ов, где -н- указывает на принадлежность: «Шухнов» — «сын Шухи»). Такие фамилии на -ов типичны для центральной России и Поволжья, и Шухновы могли быть выходцами из крестьянской или мещанской среды. Интересно, что фамилия встречается в основном в северо-западных регионах — в Новгородской, Псковской и Ленинградской областях, что наводит на мысль о местном диалектном слове, не получившем широкого распространения в южных говорах.

В отличие от многих фамилий на -ов, Шухнов не имеет очевидной связи с церковными именами или ремёслами — это чисто прозвищная фамилия, описывающая внешность или характер. Если искать аналоги, то однокоренные фамилии Шухов, Шухин и Шухинский образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что указывает на разную географию и время возникновения. Учитывая редкость фамилии, её носители, скорее всего, потомки одной или нескольких семей из одного региона, где прозвище было в ходу.