Фамилия Шуклинов образована от прозвища или нецерковного имени Шукля. В основе этого слова, скорее всего, лежит древнерусский глагол «шукать» — искать, разыскивать, выслеживать. В северных и сибирских говорах «шукать» означало также «бродить, шататься без дела». Соответственно, Шуклей могли прозвать человека дотошного, ищущего что-то, либо, напротив, праздного бродягу. Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным «шукля» — вид шапки или головного убора, но в таком случае прозвище было бы скорее шуточным, по характерной детали одежды.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Шуклинов — буквально «сын Шукли». Форма на -ин, а не на -ов, типична для фамилий, образованных от основ на -а/-я. В этом смысле Шуклинов стоит в одном ряду с Птицыным, Репиным или Пушкиным. Модель образования простая и старая: сначала от прозвища Шукля возникло отчество Шуклин, которое затем закрепилось как фамилия.

География фамилии тяготеет к северо-востоку европейской части России и Приуралью. В переписных книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков Шуклины встречаются среди крестьян и посадских людей Вятской, Пермской и Костромской губерний. Это согласуется с ареалом бытования глагола «шукать» — именно в этих краях он был особенно употребителен. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано: предки современных Шуклиновых — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне.

Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичную основу, почти исчезнувшую из живого языка. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Шуклинов — осколок севернорусской лексики, и его носитель может с высокой вероятностью проследить корни в регионы, где до сих пор говорят «шукать» в значении «искать».